Precalienta el horno a 200°C. Verter caldo de verduras hirviendo sobre el fonio, tapar y dejar reposar durante 10 minutos. Mientras tanto, pela y pica finamente la cebolla y el ajo. Cortar los tomates en dados.
Calienta aceite de oliva en una sartén y saltea la cebolla y el ajo hasta que estén transparentes. Después del tiempo de remojo, esponja el fonio con un tenedor.
Cortar los calabacines por la mitad a lo largo, sacarlos con una cuchara y sazonar ligeramente con sal. Coloque las mitades de calabacín en una fuente para horno engrasada.
Incorpora las cebollas, los tomates, los piñones y el orégano al fonio. Agrega el jugo de limón, la pasta de tomate y el perejil. Condimentar con sal y pimienta. Vierta la mezcla de fonio en las mitades de calabacín y desmenuce el queso feta por encima. Cocine en el horno durante unos 15-20 minutos.