Precalentar el horno a 200 °C. Verter caldo de verduras hirviendo sobre el fonio y dejar reposar tapado durante 10 minutos. Mientras tanto, pelar y picar finamente la cebolla y el ajo. Picar el tomate.
Calentar aceite de oliva en una sartén y pochar las cebollas y el ajo hasta que estén transparentes. Aflojar el fonio con un tenedor después del tiempo de reposo.
Partir los calabacines a lo largo por la mitad, vaciarlos con una cuchara y salar ligeramente. Colocar las mitades de calabacín en una fuente para horno engrasada.
Incorporar cebollas, tomates, piñones y orégano al fonio. Añadir jugo de limón, pasta de tomate y perejil. Sazonar con sal y pimienta. Rellenar las mitades de calabacín con la mezcla de fonio y desmenuzar queso feta por encima. Cocinar en el horno durante aproximadamente 15-20 minutos.