Préchauffer le four à 200 °C. Verser le bouillon de légumes bouillant sur le fonio et laisser reposer couvert pendant 10 minutes. Pendant ce temps, éplucher et hacher finement l'oignon et l'ail. Couper la tomate en dés.
Chauffer l'huile d'olive dans une poêle et y faire revenir les oignons et l'ail jusqu'à ce qu'ils deviennent translucides. Égrainer le fonio à la fourchette après le temps de repos.
Couper les courgettes en deux dans le sens de la longueur, les creuser avec une cuillère et les saler légèrement. Placer les moitiés de courgettes dans un plat à gratin huilé.
Incorporer les oignons, les tomates, les pignons de pin et l'origan au fonio. Ajouter le jus de citron, la purée de tomates et le persil. Assaisonner de sel et de poivre. Remplir les moitiés de courgettes avec le mélange de fonio et émietter le fromage feta dessus. Cuire au four pendant env. 15-20 minutes.