Preriscaldare il forno a 200°C. Versare il brodo vegetale bollente sul fonio, coprire e lasciare macerare per 10 minuti. Nel frattempo sbucciate e tagliate a dadini finemente la cipolla e l'aglio. Pomodori a dadini.
Scaldare l'olio d'oliva in una padella e rosolare la cipolla e l'aglio fino a quando diventano traslucidi. Trascorso il tempo di macerazione, sgranare il fonio con una forchetta.
Tagliate a metà le zucchine nel senso della lunghezza, raccogliete le zucchine con un cucchiaio e conditele leggermente con sale. Disporre le metà delle zucchine in una teglia unta d'olio.
Incorporate al fonio le cipolle, i pomodori, i pinoli e l'origano. Aggiungere il succo di limone, il concentrato di pomodoro e il prezzemolo. Condire con sale e pepe. Versare il composto di fonio nelle metà delle zucchine e sbriciolarvi sopra la feta. Cuocere in forno per circa 15-20 minuti.