Preriscaldare il forno a 200 °C. Versare il fonio con il brodo vegetale bollente e lasciare riposare coperto per 10 minuti. Nel frattempo, sbucciare e tritare finemente cipolla e aglio. Tagliare a dadini il pomodoro.
Scaldare l'olio d'oliva in una padella e far appassire cipolle e aglio. Sgranare il fonio con una forchetta dopo il tempo di riposo.
Tagliare le zucchine a metà per il lungo, scavare con un cucchiaio e salare leggermente. Disporre le metà di zucchine in una teglia unta.
Incorporare cipolle, pomodori, pinoli e origano al fonio. Aggiungere succo di limone, concentrato di pomodoro e prezzemolo. Condire con sale e pepe. Riempire le metà di zucchine con il composto di fonio e sbriciolare sopra il formaggio feta. Cuocere in forno per circa 15-20 minuti.